{"id":101,"date":"2010-12-23T13:44:17","date_gmt":"2010-12-23T12:44:17","guid":{"rendered":"http:\/\/www.sfbmec.fr\/wordpress\/?p=101"},"modified":"2016-12-12T00:53:45","modified_gmt":"2016-12-12T00:53:45","slug":"these-chautard","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.sfbmec.fr\/?p=101","title":{"rendered":"Soutenance de these – Emilie Chautard"},"content":{"rendered":"

Emilie CHAUTARD<\/strong>
\nInstitut de Biologie et Chimie des Prot\u00e9ines, UMR 5086 CNRS – Universit\u00e9 Lyon 1, Lyon
\n<\/em>
\nTitre :\u00a0Construction et analyse de r\u00e9seaux d’interactions extracellulaires<\/strong>
\nDirecteur de th\u00e8se : S. Ricard-Blum
\nDate de soutenance : 21 septembre 2010
\nMembres du jury : Christine Brun (Marseille), Gilbert Del\u00e9age (Lyon), Nathalie Th\u00e9ret (Rennes), Nicolas Thierry-Mieg (Grenoble), S. Ricard-Blum (Lyon).<\/p>\n

R\u00e9sum\u00e9<\/span> :<\/p>\n

La matrice extracellulaire est constitu\u00e9e d\u2019un r\u00e9seau tridimensionnel de prot\u00e9ines et de polysaccharides complexes, les glycosaminoglycanes. Elle apporte un support structural aux tissus et aux cellules dont elle est capable de moduler la prolif\u00e9ration, la migration et la diff\u00e9renciation. Nous avons cr\u00e9\u00e9 une base de donn\u00e9es d\u2019interactions extracellulaires prot\u00e9ine-prot\u00e9ine et prot\u00e9ine-glycosaminoglycanes, MatrixDB, qui est disponible sur le Web (http:\/\/matrixdb.ibcp.fr). Nous avons int\u00e9gr\u00e9 des bases de donn\u00e9es exp\u00e9rimentales, des donn\u00e9es issues de l\u2019analyse de la litt\u00e9rature et des donn\u00e9es issues de bases de donn\u00e9es publiquement disponibles. Nous avons respect\u00e9 les standards de curation et d\u2019\u00e9change du consortium IMEx dont fait partie MatrixDB. MatrixDB permet la construction et la visualisation de l\u2019interactome extracellulaire entier et de plusieurs types de r\u00e9seaux d\u2019int\u00e9ractions, sp\u00e9cifiques d\u2019une mol\u00e9cule, d\u2019un tissu, d\u2019une pathologie ou d\u2019un processus biologique. Nous avons ainsi caract\u00e9ris\u00e9 le r\u00e9seau d\u2019interactions extracellulaire associ\u00e9 au vieillissement et mis en \u00e9vidence le r\u00f4le important des glycosaminoglycanes et du calcium dans ce r\u00e9seau. Nous avons construit le r\u00e9seau d\u2019interactions d\u2019une matricryptine anti-angiog\u00e9nique et anti-tumorale, l\u2019endostatine, qui est issue du collag\u00e8ne XVIII. Les analyses structurales et fonctionnelles de ce r\u00e9seau ont montr\u00e9 que les partenaires de l\u2019endostatine sont majoritairement impliqu\u00e9s dans l\u2019adh\u00e9sion cellulaire et que les domaines EGF (Epidermal Growth Factor) sont surrepr\u00e9sent\u00e9s. Cette propri\u00e9t\u00e9 nous a permis d\u2019identifier exp\u00e9rimentalement d\u2019autres partenaires de l\u2019endostatine poss\u00e9dant un ou plusieurs domaines EGF et de nouvelles fonctions de l\u2019endostatine. Nous avons mod\u00e9lis\u00e9 les complexes form\u00e9s par l\u2019endostatine avec deux de ses partenaires pour identifier les sites d\u2019interactions. Ces pr\u00e9dictions, associ\u00e9es aux donn\u00e9es exp\u00e9rimentales, ont permis de d\u00e9terminer des interactions susceptibles d\u2019\u00eatre \u00e9tablies simultan\u00e9ment par l\u2019endostatine. L\u2019int\u00e9gration de ces donn\u00e9es et les param\u00e8tres cin\u00e9tiques et d\u2019affinit\u00e9 dans le r\u00e9seau d\u2019interactions de l\u2019endostatine sera utilis\u00e9e pour proposer un mod\u00e8le de son m\u00e9canisme d\u2019action qui reste mal connu.<\/p>\n

Mots-clefs<\/span> : Angiogenese – Bases de donn\u00e9es – Endostatine – Int\u00e9grines – R\u00e9seaux d\u2019interactions – Interactomes – Matrice extracellulaire – Vieillissement.<\/p>\n

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