{"id":3264,"date":"2018-07-11T15:54:34","date_gmt":"2018-07-11T13:54:34","guid":{"rendered":"http:\/\/www.sfbmec.fr\/?p=3264"},"modified":"2022-08-31T16:20:20","modified_gmt":"2022-08-31T14:20:20","slug":"offre-de-these-a-linterface-biologie-biophysique-umr-cnrs-7369-reims-fr","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.sfbmec.fr\/?p=3264","title":{"rendered":"Offre de th\u00e8se \u00e0 l\u2019interface Biologie – Biophysique – UMR CNRS 7369 – Reims, FR"},"content":{"rendered":"

Th\u00e8se \u00e0 l\u2019interface Biologie – Biophysique<\/strong><\/p>\n

D\u00e9veloppement d\u2019Outils d\u2019analyse du REmodelage Matriciel par Imagerie Haute R\u00e9solution (DOREMI).<\/p>\n

Dur\u00e9e\u00a0: 3 ans \u00e0 compter du 1er<\/sup> octobre 2018<\/p>\n

UMR CNRS 7369, Matrice Extracellulaire et Dynamique Cellulaire (MEDyC<\/em>)
\n\u00c9quipe Mod\u00e9lisation Mol\u00e9culaire et Imagerie Multi-\u00e9chelle (MIME<\/em>)
\nUniversit\u00e9 de Reims Champagne Ardenne, UFR Sciences Exactes et Naturelles
\nMoulin de la Housse, B\u00e2t. 18, 51687 Reims cedex 2<\/p>\n

Directeur de th\u00e8se\u00a0: Pr. Laurent Debelle
\nCo-encadrant\u00a0: Dr. S\u00e9bastien Almagro<\/p>\n

\u00a0<\/u><\/strong><\/p>\n

Contexte<\/u><\/strong><\/p>\n

Les maladies cardiovasculaires et m\u00e9taboliques sont les atteintes les plus observ\u00e9es au cours du vieillissement. Ces pathologies chroniques progressent lentement sans sympt\u00f4me visible jusqu’\u00e0 atteindre une situation critique o\u00f9 la maladie est d\u00e9finitivement install\u00e9e. Lors de ce processus, la matrice extracellulaire vasculaire est d\u00e9grad\u00e9e. En particulier, les lames \u00e9lastiques pr\u00e9sentes au sein de la paroi vasculaire sont alt\u00e9r\u00e9es et ne remplissent plus pleinement leurs r\u00f4les. Comme l\u2019\u00e9lastine qui les compose n\u2019est plus produite au-del\u00e0 de l\u2019adolescence, toute alt\u00e9ration survenant sur ces structures est fondamentalement irr\u00e9versible et contribue au vieillissement vasculaire.<\/p>\n

En collaboration avec nos coll\u00e8gues de l\u2019Universit\u00e9 de Manchester, notre laboratoire s\u2019int\u00e9resse aux modifications survenant au sein des parois art\u00e9rielles et \u00e0 leur \u00e9volution, notamment dans le cadre de pathologies li\u00e9es \u00e0 l\u2019\u00e2ge comme le diab\u00e8te ou l\u2019insuffisance r\u00e9nale chronique. Nous avons ainsi d\u00e9velopp\u00e9 une technique d\u2019imagerie par rayonnement synchrotron X (Diamond Light Source<\/em>, Didcot, UK) sans agent de contraste qui permet d\u2019obtenir des coupes optiques \u00e0 tr\u00e8s haute r\u00e9solution (800 nm). Les images obtenues (d\u00e9finition\u00a0: 2560x <\/sup>\u00d7 2560y<\/sup> x 2560z<\/sup>, 16 bits) sur des segments d\u2019art\u00e8re de souris de plusieurs mm de long permettent de reconstruire le volume art\u00e9riel et r\u00e9v\u00e8lent, au sein des parois, des d\u00e9tails ultra\u00ad-structuraux jusque-l\u00e0 inconnus.<\/p>\n

Nous avons d\u00e9velopp\u00e9 un premier programme d\u2019analyse d\u2019image (script Matlab) qui permet d\u2019isoler les structures \u00e9lastiques contenues dans les parois art\u00e9rielles en vue de les analyser qualitativement et quantitativement en 3D.<\/p>\n

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Travail de th\u00e8se<\/u><\/strong><\/p>\n

Le travail \u00e0 r\u00e9aliser dans le cadre de ce projet de th\u00e8se comporte deux grands axes\u00a0; une partie analyse d\u2019image visant \u00e0 d\u00e9velopper et am\u00e9liorer l\u2019outil logiciel d\u00e9j\u00e0 pr\u00e9sent\u00a0; une partie imagerie haute r\u00e9solution qui sera r\u00e9alis\u00e9e en \u00e9troite collaboration avec nos coll\u00e8gues anglais.<\/p>\n

A \u2013 Analyse d\u2019image<\/strong><\/p>\n

Le principal objectif de ce projet sera d\u2019am\u00e9liorer le syst\u00e8me d\u2019analyse d\u2019image afin de le rendre plus efficace dans la d\u00e9tection des structures et des modifications structurales des \u00e9chantillons.<\/p>\n

Il faudra ensuite rendre la d\u00e9tection du logiciel moins sensible aux variations de l\u2019\u00e9chantillon afin que la m\u00e9thode d\u2019analyse d\u2019image puisse \u00eatre g\u00e9n\u00e9ralis\u00e9e afin de simplifier la d\u00e9marche d\u2019analyse. En effet, des \u00e9chantillons \u00e0 comparer peuvent donner lieu \u00e0 des images ayant une luminosit\u00e9 ou un contraste diff\u00e9rent. Le logiciel devra pouvoir s\u2019affranchir de ces diff\u00e9rences pour faciliter la comparaison des \u00e9chantillons entre eux.<\/p>\n

Le logiciel d\u00e9velopp\u00e9 sera mis en \u0153uvre sur les donn\u00e9es d\u2019imagerie haute r\u00e9solution d\u00e9j\u00e0 disponible dans l\u2019\u00e9quipe, celles qui seront g\u00e9n\u00e9r\u00e9es lors durant la th\u00e8se, mais aussi sur celles obtenues par nos collaborateurs (Angleterre, Espagne, Suisse).<\/p>\n

B \u2013 Imagerie Synchrotron<\/strong><\/p>\n

Au cours de la th\u00e8se, l\u2019\u00e9tudiant-e sera amen\u00e9-e \u00e0 pr\u00e9parer des \u00e9chantillons en vue de les imager par microtomographie X sur un synchrotron. Il lui appartiendra en particulier d\u2019am\u00e9liorer la m\u00e9thode de pr\u00e9paration des \u00e9chantillons (murins voire humains), afin d\u2019obtenir des \u00e9chantillons dans un contexte physiologique le plus proche possible des conditions in vivo<\/em> et d\u2019obtenir la meilleure qualit\u00e9 d\u2019image possible sans utiliser d\u2019agents de contraste.<\/p>\n

Ce travail sera principalement r\u00e9alis\u00e9 \u00e0 Reims mais l\u2019\u00e9tudiant-e recrut\u00e9-e devra \u00e9galement se rendre en France ou \u00e0 l\u2019\u00e9tranger pour acqu\u00e9rir des images sur synchrotron ou r\u00e9aliser des exp\u00e9riences en lien avec le sujet propos\u00e9. Il pourra s\u2019agir de s\u00e9jours courts (moins d\u2019une semaine) ou plus longs.<\/p>\n

\u00a0<\/u><\/p>\n

Profil\u00a0recherch\u00e9<\/u><\/strong><\/p>\n

Le-la doctorant-e, biologiste ou bio-informaticien(ne), devra imp\u00e9rativement<\/strong> avoir des connaissances en programmation informatique (exemple\u00a0: langage orient\u00e9 objet) et\/ou traitement d\u2019image\/du signal. Id\u00e9alement, la personne aura de plus une premi\u00e8re exp\u00e9rience de Matlab et d\u2019ImageJ, mais des comp\u00e9tences en d\u2019autres langages (Python, etc\u2026) peuvent aussi convenir.<\/p>\n

L\u2019\u00e9tudiant-e devra \u00e9galement \u00eatre capable de pr\u00e9parer les \u00e9chantillons d\u2019origine animale. Id\u00e9alement, la personne aura une premi\u00e8re exp\u00e9rience en exp\u00e9rimentation animale. La personne int\u00e8grera une \u00e9quipe de biologistes, bio-informaticiens et biophysiciens d\u2019une dizaine de personnes.<\/p>\n

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Contact\u00a0:<\/u><\/strong> laurent.debelle@univ-reims.fr<\/a> et sebastien.almagro@univ-reims.fr<\/a><\/p>\n

T\u00e9l\u00a0:<\/u><\/strong> 03.26.91.35.02 et 03.26.91.81.94<\/p>\n

Les personnes int\u00e9ress\u00e9es par ce sujet sont invit\u00e9es \u00e0 envoyer les \u00e9l\u00e9ments suivants.<\/p>\n